どうなんでしょうか？ この記事だけでは、この調査結果が「分かった」とする結果を導き出してよいものか、小職には分かりません。
アトピー：１歳までにネコやウサギ室内飼いでリスク増！？ 犬は大丈夫 医療：MSN毎日インタラクティブ
１歳になるまでにネコやウサギを飼っていた家庭の子どもは、アトピー性皮膚炎になるリスクの高いことが、国立成育医療センター研究所（東京都世田谷区）の調査で分かった。イヌではリスクは高くならず、同研究所の松本健治・アレルギー研究室長は「アレルギー性疾患の発症を促すのは、ペットの抜け毛で増殖するダニだけではなく、ペットの種類に関係する別の原因がありそうだ」と説明している。１歳になるまでに家庭で、イヌを飼った子どもは５８５人、ネコは３５２人、ウサギやハムスターなどのげっ歯類は１３２人。 これらの子どものアトピー性皮膚炎発症率は１５・３％、ぜんそくは１６・７％で、飼育歴のない子どものそれぞれの発症率１２・８％、１３・９％と比べると、やや高かった。さらに、家族のアレルギーの有無などを考慮し、ペット飼育歴のない場合と、ペットの種類別の発症リスクを比べた。
アンケートの回答を得た母数は9,974人と十分そうな感じですが、さらに詳しく読むと「ウサギやハムスターなどのげっ歯類は１３２人」とのことで、途端にサンプル数が母数の１．３％にまで低下します。そこからアトピー性皮膚炎やぜんそくになったお子さんを仮に足しても、約40人にまでサンプル数は減少し、他と比較して、疫学的に判断するには不十分な数だといわざるを得ないのではないでしょうか。
もちろん、ペットの毛やノミダニの死骸などが原因になり得ることは理解できますが、犬や外猫では大丈夫で、内猫やげっ歯類では確率が高まるということは、家の換気の問題（内猫が外に出ないように閉め切っている）がある場合は、ハウスダストが悪さをしている可能性も否定できません。
また、アンケートだけでなく、個別にアトピーやぜんそくのもととなるアレルゲンの特定までされてあれば説得力が増したと思いますが、アレルゲン検査の有無までは言及されていませんでした。
他の意見も参考にするため、以下の記事もご覧になって下さい。
関連記事：
アトピーのウソ？ホント？vol.7 アトピーでもペットは飼えるの？ - ［アトピー］All About
「ペットがアトピーを防ぐ？」---米国調査 2002年 8月29日
こんにちは（＾－＾）
あの～～、、「うさぎやハムスターなどのげっし目」って、ここからが
違うと思うのですが・・・・うさぎはげっし目では無く、独立した
重歯目なのに。うさ飼いとしては、激しく抵抗します！（＾＾；）
おもわず ♪ねずみじゃないのよ～ うさぎは 歯っは～♪と
明菜ちゃんのメロディーを口ずさんじゃいます♪（＾＾
まぁ～獣医師以外は、それくらいのレベルなんでしょうが、私もYukiさんの意見に
１票です。犬ならば、犬種ごとで抜毛が少ない犬種もいますし、犬は
容易にブラッシングを受け入れますが、猫やうさぎ、ましてハムちゃんに
ブラッシングするなんてほとんど無いですもの。それに、ノミやダニは
かえってペットの方が少ないような気もします。
私の友人でもアトピーや喘息の方が何人もいますが、犬を飼ってた
お宅もありますし、まったくペットを飼ったことが無いお宅も
あります。一概に、それだけで判断して欲しくありません！！
それなら全てのペット、特に毛があるペット、鳥も調べて欲しいですね。
糞もありますし、羽毛だってありますから。データーにも偏りがあるし
ちょっと～！って感じです。
えるまま様：
コメント有難うございます。
♪ねずみじゃないのよ～ うさぎは 歯っは～♪は、これから獣医師国家試験を勉強する獣医師の卵さんたちだけでなく、医師免許を目指す人にもぜひ歌って欲しい歌ですね。
参考として挙げていますのは、アメリカ医師会（AMA）が発表したデータで、「ペットを複数飼っている方が、種々の抗原に対するアレルギー性反応が抑えられて、アトピーを防ぐのではないか」という論文の抜粋で、今回の発表とは、まったく逆説になっています。
アンケート調査は、データ集計をしてデータを絞り込んだ後、統計処理をすると何かしら有意差がでたりします。そうすると、その結果を一人歩きさせてしまうことがあるんですね。
今回の調査が母数がいくらであるかは分かりませんが、「アトピー性皮膚炎の発症リスクは、猫の室内飼育で約１・６倍」「ウサギやハムスターでは、リスクは最大で約３・１倍」などというのは、母数が少ない数字の比較になればなるほど、ホント、数字遊びの典型になってしまう気がします（例えば、110と101で比較すると、110は101の1.09倍にしかならないんですが、同じく9の差がある10と1を比べると、10は1の10倍になってしまうんです、当たり前のことですが）。
だから数字だけでモノをいうのではなく、アレルゲン検査の結果も踏まえて、「この動物を飼っている家庭の子供のアトピーの原因はアレルゲンがこの動物由来の何に起因している」ことを確認していないと、「残念！」（死後？、最近見ないなぁ）ってなってしまいますよね。